合一堂的歷史，淵源自倫敦傳道會(即今世界傳道會)創立的一個華人聚會團體。遠自一八四三年，倫敦傳道會理雅各牧師將馬六甲開辦之英華書院遷港，課餘致力佈道工作，信主華人皆在該院受洗，稱為英華書院公會。一八五六年，華人信徒聚會，改在傳教士住所舉行。一八六二年，成立華人教會團體，由華人自理會務。一八七九年，華人信徒漸增，傳教士住所容納不下，乃募款購上環一樓宇為禮拜堂。
一八八五年，聘禮賢會王煜初牧師為主任﹔同年，女信徒高三桂夫人廉讓荷李活道一地段，以供建堂及醫院之用，是為華人自理會道濟會堂及雅麗氏利濟醫院。其後，道濟會堂與倫敦傳道會香港愉寧堂共同創辦新界傳道會，澳門傳道會。一九零八年，聘巴色會張祝齡先生來堂接任聖工，並得數位長老協助﹕五年後按立張氏為牧師。一九一零年，改長老制為堂議會(值理制)。
一九二一年，加入中華基督教會，改名為中華基督教會道濟會堂。同年決議，與雅麗氏利濟醫院同遷建於般含道倫敦傳道會會址，亦互為毗鄰。一九二二年興工，因工潮影響，至一九二六年十月始告落成。以本堂同道會同澳洲長老會之華僑，為切合共同需要而聯合建成新堂，公開徵求教堂命名﹔經信眾投票公決，選名「合一堂」。新堂啟用後，在張牧師與信徒合力下，更得皮堯士及威禮士牧師等襄助，會務蒸蒸上。除堂務職責外，又兼擔負新界傳道經費，在大埔、林村、元朗、新田、屯門、荃灣、川龍、長洲、大澳、沙螺灣等地建有基址，且多辦有學校﹕至一九三四年正式移交中華基督教會廣東協會第六區會(今之香港區會)接辦。在此期間，詩班、家庭祈禱會、研經班及少年德育會等事工，栽培不少教會領袖，會務蓬勃推展。
一九四一年，日本侵襲期間，香港教會淪陷，教友四散，教會聖工甚受影響，幾經艱苦，仰賴主恩，安渡難關。一九四五年光復後，各地逃難教友漸次歸來，重修聖所，堂務復興，較前更蓬勃。五零年代，教友居住九龍者日增，來堂難免跋涉，乃進行籌建九龍堂。一九五七年，「九龍堂」在巴富街落成啟用。一九五九年，通過新典章，「香港堂」、九龍堂兩單位堂堂務，各由一個堂會主持，其上增設堂代表會，成員由單位堂選派，掌管全合一堂對外及人事、 管業、經濟、教育等事工；執事、牧師及宣教師均為堂代表會成員及當然 出席各單位堂堂會。一九六零年九月，創辦合一堂小學於何文田公主道（九龍堂毗鄰）。一九六三年展開籌建北角聚會點的福音事工，至一九八四年九月，「北角堂」落成啟用，「合一堂陳伯宏紀念幼稚園」亦告成立。合一堂積極推展佈道、培育、學生福音工作及社會服務事工。九四年購入沙田馬鞍山鞍誠街地段，九六年開始興建，於九七年「馬鞍山堂」落成啟用，並開辦「合一堂單家傳紀念幼稚園」培育區內幼童。為配合社會需要，於九七年三月在北角丹拿道港運城開辦 「合一堂耆年中心」（長者日間活動中心，後改為長者鄰舍中心），服務區內長者；並於二零零零年一月起用上址設立「合一堂港運城佈道所」，於每週六下午舉行福音聚會。於二零一八年教會領受使命，於華樂徑華富閣二樓開設華富中心，關懷服侍社區有需要的家庭。上帝託負的傳道服務 使命，任重道遠，深信會眾承先啟後，繼往開來，發揚光大，同心合力興 旺福音，見證佳果纍纍，榮歸上帝！